《洞洞杂货铺》是一部治愈奇幻漫画，讲述孤僻少女林晓偶然发现街角一家隐匿的神秘杂货铺，这里售卖的物品皆蕴含奇妙魔力——能治愈遗憾的时光沙漏、唤醒回忆的香薰、实现小心愿的折纸。店主是神秘温和的少年阿洞，他背后藏着与杂货铺相关的百年秘密。林晓在帮忙打理店铺的过程中，见证了无数顾客的故事，也逐渐打开心扉，与阿洞一起守护杂货铺的温暖与奇迹。
一位白发老人前来寻找能再见亡妻的物品，阿洞取出时光沙漏，让老人重温与妻子的美好瞬间。林晓从中领悟到，杂货铺的魔力不在于改变过去，而在于珍藏回忆。
小女孩用攒了很久的零花钱买了许愿折纸，希望常年出差的爸爸能陪自己过生日。折纸生效当晚，爸爸突然出现在家门口，原来他偷偷推掉工作，只为实现女儿的心愿。
知名作家陷入创作瓶颈，被阿洞推荐了“灵感香薰”。香薰唤醒了他童年与外婆相处的时光，让他写出了最动人的作品，也明白了创作的真谛是真诚。
神秘商人欲高价收购杂货铺，遭到阿洞拒绝后，暗中破坏店铺的魔法结界。林晓和阿洞联手修复结界，过程中林晓意外觉醒了自身的治愈魔力。
内向的美术生因自卑不敢展示作品，来到杂货铺买下“勇气画笔”。在画笔的鼓励下，他参加了校园画展，其作品中蕴含的真挚情感打动了所有观众。
林晓在人生低谷时偶然闯入洞洞杂货铺，被门口的“解忧风铃”吸引。阿洞看出她的烦恼，送给她一枚能带来好运的幸运石，两人的羁绊从此开始。